十二年國民基本教育於103學年度實施後即爭議不斷，經監察委員王美玉、仉桂美、蔡培村及包宗和自動調查，監察院教育及文化委員會於今日（104年3月12日）審議通過糾正教育部，及函請該部、臺北市政府、新北市政府及基隆市政府等機關檢討改進。
監察院糾正案文指出，十二年國教於103學年度正式啟動，教育部推動高中高職入學作業時程倉促，如高級中等教育法規定至遲應於102年10月1日前報請教育部備查後公告，但部分就學區為因應該部法令與原則之修正而逾期；而特色招生作業亦有類似情形，如高中多元入學招生辦法規定應於102年8月31日公告、及該部特色招生報備查原則規定應於101年4月前發布特色招生核定作業要點，但部分就學區修正後最終公告日已逾期。其後，入學簡章公布之日期均有延宕，距離第一次免試分發作業時間十分緊湊，該部顯已實際壓縮各主管機關及學校之辦理時間；且超額比序項目包括「學生志願序」等8大項及其細項，概念複雜，加以前述時程緊迫，致多數家長難以理解，分發情形混亂，更造成嚴重爭議與民怨，甚至部分學生遲至開學前仍無法就定位，難以及時補救教學及課程銜接，嚴重影響學習權益，違反高級中等教育法、高中多元入學招生辦法及相關規定。
本案調查意見另指出：「十二年國教政策立意良善，惟計畫總體目標與檢核指標不符，對應績效指標付之闕如，課綱亦未完備；又教育部推動103年高中職入學措施，強調多元免試入學，卻引發外界民怨不安，顯見社會共識尚未成熟」、「教育部未妥適釐清『就近入學』、『社區高中』等重要概念，又未能達到均衡教育資源之基礎，達成實質就近入學目標」、「教育部針對103學年度高中職入學作業之授權範圍不明，又未善盡相關法令解釋及溝通協商之責，中央及地方尚有權責不清、相互推托及延宕情形」、「基北免試就學區辦理103學年度免試入學之超額比序方式仍以測驗成績為主，多元學習比序推動情形失準，且部分傳統名校之特色招生比例偏高，形同『明星高中』入學考試，課程亦不符合特招理念」、「國中教育會考依法應為學力監控目的之用，提供補救教學辦理參據，然103學年度各就學區入學超額比序機制仍多採計會考成績，不符免試之概念，且特色招生分發入學考試尚不脫學科測驗，均引發『免非免（試）』、『特非特（招）』之批評聲浪」。